福建君子峰國家級自然保護區始建于2003年2月,于2008年1月14日獲國務院批準晉升為國家級自然保護區。保護區位于武夷山脈中段東坡余脈,北緯26°19′03″-26°39′18″東經116°47′21″-117°31′22″,橫跨福建省明溪縣的西北部和東部,涉及楓溪、夏坊、蓋洋、沙溪和夏陽5個鄉鎮的15個行政村,與福建龍棲山國家級自然保護區、福建閩江源國家級自然保護區相連。
保護區總面積為18060.5hm2,其中核心區面積為7497.6hm2,緩沖區面積為4035.8hm2,實驗區面積為6527.1hm2,是武夷山脈中段自然保護區的重要組成部分。
保護區屬于中亞熱帶海洋性季風氣候。年平均氣溫18.0℃,極端最低氣溫-8.1℃,極端最高氣溫39.1℃.年日照時數1767.1h。年平均降水量1737㎜,最高達2200㎜,主要集中在春夏雨季。降水天數178d,年蒸發量1374.7㎜,年降水量大于年蒸發量。
保護區內生物多樣性豐富,區內有維管束植物資源115目219科1692種。其中蕨類植物6目39科180種;裸子植物2目7科14種;被子植物107目173科1498種。其中國家Ⅰ級保護植物有南方紅豆杉、鐘萼木及歷史栽培的銀杏等3種;國家Ⅱ級保護植物有金毛狗、福建柏、香榧、鵝掌楸、凹葉厚樸、樟樹、閩楠、花櫚木、喜樹、香果樹等21種及花葉開唇蘭、浙江金線蘭、鐵皮石斛、小舌唇蘭、苞舌蘭等35種蘭科植物。
繁茂的森林植被成為動物理想的棲息地。區內脊椎動物有34目100科384種,魚類資源有5目13科49種,兩棲類2目7科26種,爬行類3目12科63種,鳥類17目47科197種,獸類8目21科49種。其中國家Ⅰ級保護動物有黃腹角雉、白頸長尾雉、蟒蛇、豹4種,國家Ⅱ級保護動物有花鰻鱺、虎紋蛙、穿山甲、白鷴、獼猴等34種。
保護區內生態環境優美,不僅擁有十分獨特的自然景觀,而且保護區及周邊社區頗具本地特色的客家文化、民俗風情也得到保存。