位于黑龍江省西部烏裕爾河下游齊齊哈爾市及富裕、林甸、杜蒙、泰來縣交界地域,濕地的周圍是草地、農田和人工魚塘,主要保護對象為丹頂鶴等珍禽及濕地生態系統,是中國北方同緯度地區中保留最完整、最原始、最開闊的濕地生態系統。每年共有6種鶴類在此繁殖和停歇,占世界鶴類種類的40%,保護區河道縱橫,湖泊沼澤星羅棋布,濕地生態保持良好。
本區位于松嫩平原西部,松嫩平原是晚中生代以來發展形成的凹陷盆地。本區地貌類型主要為平原區河湖相沖擊地貌類型,河流的河谷、河道及不明顯,水流緩慢,兼有風成沙丘及沙地。
扎龍國家級自然保護區本區屬北溫帶大陸性季風氣候,是同緯度地區景觀最原始、物種最豐富的濕地自然綜合體。嫩江支流烏裕河到此失去河道,漫溢成大片沼澤,葦叢茂密、魚蝦叢多,是水禽理想的棲息地。
保護區有魚類46種,隸屬于9科。兩棲類、爬行類相對貧乏,兩棲類有四科六種,分別為極北鯢、大蟾蜍、花背蟾蜍、無斑雨蛙、黑斑蛙、黑龍江林蛙;爬行類有鱉和麻蜥兩種。獸類21種,隸屬5目9科。昆蟲類277種,隸屬于11目65科。
扎龍國家級自然保護區鳥類約260種,隸屬17目48科。其中國家重點保護鳥類有35種,最為著名的是鶴類,全世界有15種,中國有9種,本區就有丹頂鶴、白鶴、白頭鶴、白枕鶴和蓑羽鶴6種,不愧為獨步世界的“鶴鄉”。其中四種為繁殖鳥,全世界現存丹頂鶴2000只,本區即有346只的繁殖種群,占全世界丹頂鶴總數的17.3%,現已列入全球瀕危種類。白枕鶴有34只,灰鶴1986年第一次發現巢,蓑羽鶴有50多只。有國家一、二級保護鳥類35種,一級有丹頂鶴、白枕鶴、白琵鷺等。沼澤邊緣和臨近農田常見到大鴇。除豐富的鳥資源外,還有20種獸類,包括狼、赤狐、狍、獾和黃羊等;兩棲類四種,有中國林蛙、黑斜線蛙、列斑雨蛙、花嘴蟾蜍;爬行動物有3種,包括蜥蜴、淡水龜等;水生魚類40種,鯽魚最為豐富。